Сергей Деникин работает в техниках коллажа, объекта, инсталляции, фотографии, живописи. Основой для произведений автора становятся предметы его постоянно растущей коллекции: пластины слюды, вырезки схем из научных журналов, веточки и гербарии, приспособления для химических опытов. Его работы представлены в коллекциях Государственного Русского Музея, Фонда MUDIMA (Италия), Центрального музея связи имени А.С. Попова и Музея AZ.